Анна Ганева е част от екипа на Център за либерални стратегии от самото му създаване през 1994 г. От 2003 е изпълнителен директор на ЦЛС. Участвала е и е ръководила проекти в областите: политически изследвания, социологически изследвания, външна политика, обществени дебати, гражданско участие. Била е изпълнителен директор на Асоциацията на разследващите журналисти (2000) и на Асоциация “България – Русия” (1997 – 2000).